Di awal tahun ajaran 2006/2007, Dra. Hanna Herawati Elijas ditunjuk sebagai Kepala Sekolah SMA Kristen Petra 3, yang sebelumnya menjabat sebagai Kepala Sekolah SMP Kristen Petra 5. Melalui suatu proses panjang dari sikap introspeksi dan evaluasi, gedung SMA Kristen Petra 3 direnovasi dengan biaya yang tidak sedikit. Dewan Pengurus PPPK Petra menjadikan SMA Kristen Petra 3 sebagai sekolah PPPK Petra pertama yang berbasis IT dalam kegiatan belajar mengajar. Dengan adanya sarana dan prasarana yang lengkap, diharapkan dapat menjadi media pengajaran yang dapat memotivasi peserta didik, agar mencapai prestasi yang lebih baik. Kenyamanan saat berada di dalam kelas dengan ruang ber-AC merupakan hal yang dapat memengaruhi prestasi belajar peserta didik. Warna-warna minimalist ikut menghiasi ruang–ruang kelas yang ada. Salah satu komponen utama dalam proses belajar mengajar adalah peserta didik yang diberi kesempatan untuk mempelajari, mengembangkan rasa ingin tahu, kreatif, serta memiliki gagasan baru yang berkaitan dengan materi dan tugas yang diberikan, dengan didukung oleh upaya serta kerja keras. Modul–modul pembelajaran dan kumpulan soal–soal matematika, fisika, kimia, dan biologi, dipakai sebagai sarana kegiatan belajar mengajar untuk mempermudah siswa dalam menyerap materi. Penanganan terhadap kenakalan siswa terus dilakukan dengan berbagai macam pendekatan, sehingga angka perkelahian jauh berkurang. Usaha penyadaran akan pentingnya ketertiban terus-menerus dilakukan, dengan bekerja sama bersama BK dan orang tua/wali siswa. Prestasi terakhir yang diperoleh adalah hasil akreditasi sekolah tingkat SMA yang ke-5, SMA Kristen Petra 3 memperoleh nilai 96,59. Hasil ini merupakan kerja keras seluruh warga sekolah untuk terus meningkatkan citra positif sekolah di mata masyarakat.