Di awal tahun ajaran 2006/2007, Dra. Hanna Herawati Elijas ditunjuk sebagai Kepala Sekolah SMA Kristen Petra 3, yang sebelumnya menjabat sebagai Kepala Sekolah SMP Kristen Petra 5. Melalui suatu proses panjang dari sikap introspeksi dan evaluasi, gedung SMA Kristen Petra 3 direnovasi dengan biaya yang tidak sedikit. Dewan Pengurus PPPK Petra menjadikan SMA Kristen Petra 3 sebagai sekolah PPPK Petra pertama yang berbasis IT dalam kegiatan belajar mengajar. Dengan adanya sarana dan prasarana yang lengkap, diharapkan dapat menjadi media pengajaran yang dapat memotivasi peserta didik, agar mencapai prestasi yang lebih baik. Kenyamanan saat berada di dalam kelas dengan ruang ber-AC merupakan hal yang dapat memengaruhi prestasi belajar peserta didik. Warna-warna minimalist ikut menghiasi ruang–ruang kelas yang ada. Salah satu komponen utama dalam proses belajar mengajar adalah peserta didik yang diberi kesempatan untuk mempelajari, mengembangkan rasa ingin tahu, kreatif, serta memiliki gagasan baru yang berkaitan dengan materi dan tugas yang diberikan, dengan didukung oleh upaya serta kerja keras. Modul–modul pembelajaran dan kumpulan soal–soal matematika, fisika, kimia, dan biologi, dipakai sebagai sarana kegiatan belajar mengajar untuk mempermudah siswa dalam menyerap materi. Penanganan terhadap kenakalan siswa terus dilakukan dengan berbagai macam pendekatan, sehingga angka perkelahian jauh berkurang. Usaha penyadaran akan pentingnya ketertiban terus-menerus dilakukan, dengan bekerja sama bersama BK dan orang tua/wali siswa. Prestasi terakhir yang diperoleh adalah hasil akreditasi sekolah tingkat SMA yang ke-5, SMA Kristen Petra 3 memperoleh nilai 96,59. Hasil ini merupakan kerja keras seluruh warga sekolah untuk terus meningkatkan citra positif sekolah di mata masyarakat.

Dalam tahun ajaran 1997/1998, SMA Kristen Petra 3 mempunyai 26 kelas dengan jumlah siswa 1.016 orang. Drs Rusdiarsa kembali ke SMA Kristen Petra 3 dengan membawa obsesi TRI SUKSES yaitu sukses evaluasi (khususnya EBTA/EBTANAS), sukses akreditasi ulang yang ke-3, dan sukses meningkatkan citra SMA Kristen Petra 3, dengan harapan menjadi lembaga yang sungguh-sungguh beridentitas kekristenan. Ketiga obsesi, doa, dan harapan itu, dilandasi oleh firman Tuhan dalam I Korintus 15:58. Pada bulan Februari 1999, kepemimpinan SMA Kristen Petra 3 sempat kosong beberapa saat, karena Drs. Rusdiarsa dipanggil Tuhan. Berdasarkan rapat Dewan Pengurus PPPK Petra, terpilihlah Drs. Sudiyatmoko, mantan guru PPKN dan Wakasek Humas di SMA Kristen Petra 3 untuk memimpin sekolah ini. Berbagai prestasi pernah diraih pada masa kepemimpinannya.

Tahun ajaran 1994/1995, kepemimpinan berpindah ke tangan Drs. Albert Napo Oranay. Berbagai terobosan, perubahan dan pengembangan terjadi di sekolah ini. Untuk menambah kelengkapan ruang laboratorium serta ruang perpustakaan, dilakukan renovasi gedung sekolah yang semula 1 lantai menjadi 4 lantai. Pada tahun 1997/1998, Drs. Albert Napo Oranay dipercaya sebagai koordinator penelitian dan pengembangan PPPK Petra.

Pada tahun 1988/1989, SMA Kristen Petra 3 mendapat predikat “Disamakan” dalam pelaksanaan akreditasi sekolah tingkat SMA. Ini merupakan prestasi yang sangat baik, karena SMA Kristen Petra 3 tidak pernah mengalami status “Terdaftar” maupun “Diakui”, tetapi langsung “Disamakan”. Dengan statusnya ini, SMU Kristen Petra 3 dipercaya pemerintah untuk menjadi subrayon dalam pelaksanaan EBTA/EBANAS. Pada usianya yang ke-10, sekolah ini menjadi salah satu sekolah yang cukup diperhitungkan prestasinya, di Surabaya maupun Provinsi Jawa Timur. Prestasi siswa yang diraih saat itu adalah menjadi peraih NEM tertinggi program A-3 se-Jawa Timur, dengan jumlah nilai 59,71.

Drs. Dirgo Wiloso Darmo membawa SMA Kristen Petra 3 pertama kali bergabung dengan SMA Negeri 5 dalam mengikuti EBTA/EBTANAS tahun 1985/1986. Pada saat itu, peserta yang mengikuti EBTA/EBTANAS sejumlah 300 siswa dan berhasil lulus 100%. Ini merupakan prestasi yang membanggakan bagi sekolah. Dan hal ini tentu saja merupakan prestasi awal yang gemilang. Waktu terus bergulir, dan SMA Kristen Petra 3 tetap exsist untuk menjadi tempat pembentukan fisik, rohani/moral, maupun intelektual bagi warga sekolah. Empat tahun kemudian, Drs. Dirgo Wiloso Darmo mendapat tugas baru sebagai Kepala SMA Kristen Petra 5, dan kedudukannya digantikan oleh Ibu Dra. Canisia Paula Djajasurja.

Secara resmi, pada tahun ajaran 1983/1984, berdirilah SMA Kristen Petra 3 berdasarkan SK Kakanwil Depdikbud Provinsi Jawa Timur No. 1729/I04.7.4/1985/Pm, Tanggal 5 Desember 1985. Drs. Rusdiarsa yang ditunjuk sebagai kepala sekolah saat itu. Dengan status “Tercatat”, pada tahun itu sudah memiliki siswa sejumlah 326 siswa, yang terbagi menjadi enam kelas, dengan jumlah guru sebanyak 21 orang. Pada masa kepemimpinan Drs. Rusdiarsa, sekolah ini tidak mengalami renovasi yang berarti, sehingga beberapa ruang yang dulunya digunakan untuk SMA Kristen Petra 2, juga dipakai untuk proses belajar mengajar SMA Kristen Petra 3. Dua tahun kemudian (1985/1986), Drs. Rusdiarsa digantikan oleh Drs. Dirgo Wiloso Darmo, karena beliau dipercaya untuk memimpin SMP Kristen Petra 4.

Gedung serta kelengkapan fasilitas SMA Kristen Petra 3 sekarang ini, tentunya jauh berbeda dengan tahun-tahun sebelumnya. Ada pesona menarik untuk disikapi, baik sejarah berdirinya maupun profil pimpinannya. Betapa tidak, pada tahun ajaran 1980/1981, sedianya SMA Kristen Petra 3 berlokasi di Manyar Tirtoasri Raya 1—3, namun SMA Kristen Petra 2 yang waktu itu berada di Jalan Kalianyar, dipindahkan ke Manyar. Dan SMA Kristen Petra 3 menempati gedung di Jalan Kalianyar 43, Surabaya.