Dalam tahun ajaran 1997/1998, SMA Kristen Petra 3 mempunyai 26 kelas dengan jumlah siswa 1.016 orang. Drs Rusdiarsa kembali ke SMA Kristen Petra 3 dengan membawa obsesi TRI SUKSES yaitu sukses evaluasi (khususnya EBTA/EBTANAS), sukses akreditasi ulang yang ke-3, dan sukses meningkatkan citra SMA Kristen Petra 3, dengan harapan menjadi lembaga yang sungguh-sungguh beridentitas kekristenan. Ketiga obsesi, doa, dan harapan itu, dilandasi oleh firman Tuhan dalam I Korintus 15:58. Pada bulan Februari 1999, kepemimpinan SMA Kristen Petra 3 sempat kosong beberapa saat, karena Drs. Rusdiarsa dipanggil Tuhan. Berdasarkan rapat Dewan Pengurus PPPK Petra, terpilihlah Drs. Sudiyatmoko, mantan guru PPKN dan Wakasek Humas di SMA Kristen Petra 3 untuk memimpin sekolah ini. Berbagai prestasi pernah diraih pada masa kepemimpinannya.