Tahun ajaran 1994/1995, kepemimpinan berpindah ke tangan Drs. Albert Napo Oranay. Berbagai terobosan, perubahan dan pengembangan terjadi di sekolah ini. Untuk menambah kelengkapan ruang laboratorium serta ruang perpustakaan, dilakukan renovasi gedung sekolah yang semula 1 lantai menjadi 4 lantai. Pada tahun 1997/1998, Drs. Albert Napo Oranay dipercaya sebagai koordinator penelitian dan pengembangan PPPK Petra.