Pada tahun 1988/1989, SMA Kristen Petra 3 mendapat predikat “Disamakan” dalam pelaksanaan akreditasi sekolah tingkat SMA. Ini merupakan prestasi yang sangat baik, karena SMA Kristen Petra 3 tidak pernah mengalami status “Terdaftar” maupun “Diakui”, tetapi langsung “Disamakan”. Dengan statusnya ini, SMU Kristen Petra 3 dipercaya pemerintah untuk menjadi subrayon dalam pelaksanaan EBTA/EBANAS. Pada usianya yang ke-10, sekolah ini menjadi salah satu sekolah yang cukup diperhitungkan prestasinya, di Surabaya maupun Provinsi Jawa Timur. Prestasi siswa yang diraih saat itu adalah menjadi peraih NEM tertinggi program A-3 se-Jawa Timur, dengan jumlah nilai 59,71.